הבעיה המרכזית של מים מותפלים נוגעת לאיכות המים ולתהליך ההפקה שלהם. להלן כמה מהבעיות העיקריות:

1. הרכב כימי ותכולת מינרלים: תהליך ההתפלה מסיר מהמים לא רק את המלחים אלא גם את המינרלים החיוניים הקיימים בהם, כמו מגנזיום, סידן ואשלגן. מים מותפלים הם בדרך כלל דלים מאוד במינרלים, מה שעלול להשפיע על בריאות האדם, במיוחד כשמדובר במים שמיועדים לשתייה.

2. חומציות המים: מים מותפלים הם חומציים יותר (בעלי pH נמוך יותר) לעומת מים טבעיים. חומציות מוגברת יכולה לפגוע בצנרת ולהשפיע על טעם המים.

3. השפעה סביבתית: תהליך ההתפלה הוא עתיר אנרגיה, ומייצר פסולת מלוחה רבה הנפלטת חזרה לים, מה שעלול לפגוע בסביבה הימית ובמערכות האקולוגיות שבים.

4. עלות גבוהה: התפלת מים דורשת טכנולוגיה מורכבת ויקרה, מה שמוביל לעלויות גבוהות. במדינות רבות, עלויות ההתפלה מתווספות לחשבון המים של התושבים.

5. חוסר קיימות: תלות במים מותפלים עלולה להוביל לחוסר קיימות אם השיטות לשימוש במים אלו לא כוללות התחשבות בסביבה ובשימור מקורות המים הטבעיים.

בעוד שמים מותפלים מהווים פתרון חשוב לאספקת מים באזורים יבשים כמו ישראל, יש צורך להמשיך ולשפר את התהליכים הקיימים ולמצוא דרכים למזער את ההשפעות השליליות על הסביבה והבריאות.